中小企業も対象！バリューチェーン全体の脱炭素経営高度化事業とは？概要・補助内容・申請ポイントを徹底解説
現代のビジネスにおいて、気候変動対策への取り組み、すなわち脱炭素経営は、単なる社会貢献活動（CSR）ではなく、企業の持続可能性と競争力を左右する新時代の経営指標となっています。特に、グローバルに事業を展開する大企業にとって、自社だけでなく原材料調達から製品の廃棄に至るまでのサプライチェーン全体、すなわち「Scope3（スコープ3）排出量」の削減が国際的な責務となっています。
しかしながら、サプライチェーンの要を担う中小企業にとっては、脱炭素化のための初期投資や専門知識の確保が大きな障壁となっています。
こうした現状を打開すべく、環境省が強力に推進しているのが「中小企業を含むバリューチェーン全体の脱炭素経営高度化事業」です。この事業は、大企業（リード企業）と中小企業（連携企業）が協力し、サプライチェーン全体で実効性のあるCO2削減を目指す、画期的な補助金制度です。中小企業も国の支援を受け、高効率な設備導入や排出量可視化ツールの導入が可能となります。
本記事では、この注目の事業について、元の構成案に基づき、制度の目的、対象、具体的な補助内容、そして採択のポイントに至るまでを詳細かつ具体的に解説します。この支援策を最大限に活用し、企業価値を高めるための道筋を整理していきましょう。
INDEX
脱炭素経営高度化事業とは
脱炭素経営高度化事業は、日本のカーボンニュートラル実現を加速させるための環境省による支援策の一つです。その最大の特長は、単独の企業ではなく、企業間の連携体（コンソーシアム）を補助対象とする点にあります。
環境省によるカーボンニュートラル支援策の一つ
この事業の根底にあるのは、日本全体のCO2排出量の大部分を占める産業部門において、個々の企業の努力だけでは限界があるという認識です。特に、製造業や物流業など、多数の協力会社や取引先から構成される複雑なサプライチェーンを持つ産業においては、親会社やリード企業が主導し、子会社や取引先を含む全体で削減に取り組むことが不可欠です。
サプライチェーン全体でCO2削減を目指す取り組み
この補助金は、主に「リード企業」が「連携企業」に対して、脱炭素化に必要な以下の要素を包括的に支援する活動を対象とします。
- 省CO2設備の共同導入支援
- 再生可能エネルギーの導入支援
- 排出量のデータ可視化ツールの提供と指導
- 専門家による省エネ診断や教育
これにより、補助金という資金面の支援だけでなく、リード企業が持つ技術やノウハウを中小企業へ移転し、サプライチェーン全体としての排出量削減と、中小企業の経営基盤の強化を同時に達成することを目指します。
制度の目的と背景
この事業が立ち上げられた背景には、国際的な環境評価の高まりと、日本国内の産業構造におけるCO2削減の難しさがあります。
Scope3を含むサプライチェーン排出の削減支援
国際的なGHGプロトコル（温室効果ガス排出量算定の国際基準）では、企業の排出量をScope1（直接排出）、Scope2（間接排出）、そしてScope3（バリューチェーン排出）の3つに分類します。特に大企業の場合、Scope3排出量が全体の半分以上を占めることも珍しくありません。このScope3の大部分は、取引先である中小企業の事業所での排出（Scope1, 2）に該当します。
本事業は、このScope3排出量の削減に焦点を当て、リード企業がその取引先（中小企業）のScope1, 2の排出量削減活動を支援することで、バリューチェーン全体での実効性のある削減を達成することを究極の目的としています。
中小企業を巻き込んだ「連携型脱炭素化」促進
中小企業が単独で脱炭素化を進める際の最大の壁は、「資金不足」「専門知識・人材不足」「投資回収の不確実性」です。本事業は、以下の点で中小企業を巻き込み、脱炭素化を促します。
- 資金的支援: 設備投資に対して国の補助金（高めの補助率）が適用されるため、中小企業の費用負担が大幅に軽減されます。
- ノウハウ提供: リード企業からの技術指導や、共通の排出量算定ツールの提供により、中小企業が抱える知識不足の課題を解消します。
- 取引継続の条件: 脱炭素化への取り組みが、将来的にリード企業との取引継続の必須条件となりつつある中、この補助金はその要請に応えるための強力な手段となります。
これにより、脱炭素化の取り組みが一部の先進企業に留まらず、日本経済の基盤を支える中小企業に広く浸透することを目指しています。
対象となる企業・事業形態
本事業の補助対象となるのは、特定の要件を満たした「連携体（共同体）」です。個別の企業単独での申請は原則として認められません。
リード企業＋中小企業による共同体が基本
連携体は、主に以下の二つの役割を担う企業群で構成されます。
リード企業
- 原則として、大規模なサプライチェーンを持つ企業（大企業、またはそれに準ずる中堅企業）が想定されます。
- 事業計画の策定、補助金申請手続き、補助事業全体の進捗管理、および連携企業への技術的・資金的支援を主導する役割を担います。
- 自社のScope3削減目標達成に向けて、強い意欲と実行力を有することが求められます。
連携企業
- リード企業の取引先、またはサプライチェーンを構成する企業で、主に中小企業が対象となります。
- リード企業からの支援を受け、自社の事業所内で具体的なCO2削減対策（設備導入など）を実施する役割を担います。
- 単なる老朽化設備の更新ではなく、補助事業を通じて、より高度な脱炭素経営への転換を目指す企業であることが求められます。
最低限の構成要件として、リード企業1社に対し、複数（公募要領に記載された数）の中小企業が参加することが必要です。
製造業、物流、商社など幅広い業種が対象
この事業は、特定の業種に限定されるものではありません。バリューチェーンにおけるCO2排出量の削減効果が期待できる、あらゆる産業が対象となります。
| 業種 | 連携事業の例 |
| 製造業 | 部品メーカー（リード）が、二次・三次サプライヤー（連携）の工場に高効率設備や再エネを共同導入。 |
| 物流業 | 荷主企業（リード）が、契約運送会社（連携）の車両をEV化、物流拠点の省エネ化を支援。 |
| 建設業 | 大手ゼネコン（リード）が、専門工事業者（連携）の現場事務所や機材の省エネ化を支援。 |
| 商社・小売業 | 大手商社（リード）が、納入業者（連携）の食品加工工場や農場の排出量可視化と設備投資を支援。 |
重要なのは、リード企業のScope3排出量と、連携企業のScope1, 2排出量が密接に関連していること、そして連携による相乗効果が明確に示されることです。
補助対象となる取り組み
補助金の対象となるのは、単に設備を導入する費用に留まらず、脱炭素経営の高度化に資する幅広い活動です。これらは大きく以下の三つに分類されます。
省CO2設備の導入（高効率機器、再エネ活用など）
連携企業（中小企業）の事業所において、エネルギー効率を大幅に改善し、CO2排出量を直接的に削減する設備投資費用が対象となります。
- 高効率設備への更新:
- 業務用高効率空調設備（エアコン、チラー）
- 高効率ボイラー、産業用ヒートポンプ
- 高効率照明（LED照明）への一斉交換
- 生産プロセスにおける高効率モーター、インバーター制御機器の導入
- 再生可能エネルギー活用:
- 自家消費を目的とした太陽光発電設備の設置
- 再エネ電力の自家消費率を高めるための蓄電池の導入
- 輸送機器の低炭素化:
- 物流・業務用車両の電気自動車（EV）や燃料電池自動車（FCV）への転換
- 関連する充電インフラ設備の導入
データ可視化・排出量算定ツール導入
脱炭素化の第一歩である「現状把握」と、削減効果の「モニタリング」を可能にするためのシステム導入費用が対象となります。
- エネルギーマネジメントシステム（EMS）: 電力や熱の使用量をリアルタイムで把握し、エネルギーの最適制御やムダを特定するためのシステム（BEMS/FEMSなど）。
- クラウド型排出量算定ツール: GHGプロトコルに基づき、Scope1〜3の排出量を自動で収集・算定し、レポートを作成できるソフトウェアライセンスやプラットフォームの導入費用。
- 計測機器・センサー: 設備ごとの詳細な稼働データやエネルギー消費量を計測するためのIoTセンサーやネットワーク構築費用。
リード企業がこれらのデジタルツールを導入し、連携企業に対して一括して提供・指導する形が、補助対象として高く評価されます。
取引先企業への支援・教育・体制整備
リード企業が、連携企業の自律的な脱炭素化を促進するために行う、ソフト面での支援活動費用も対象となります。
- 省エネ診断・技術指導: 連携企業に対し、外部の専門家（省エネ診断士など）を派遣し、詳細な省エネ診断や削減対策の技術指導を行う費用。
- 研修プログラムの実施: 連携企業の担当者向けに、排出量算定方法、SBTi（科学的根拠に基づく目標）設定、省エネ技術に関する専門的な教育・セミナーを実施する費用。
- 共通ガイドラインの策定: 連携体全体で統一されたCO2排出量データの収集・報告に関するマニュアルやガイドラインを作成する費用。
- 外部コンサルティング: Scope3目標設定や、認証取得（例：ISO 50001）に関するコンサルティング費用。
これらのソフト支援は、補助事業終了後も削減努力を継続するための基盤構築として極めて重要です。
補助率・上限額の目安
本事業の補助率と上限額は、補助金の使途や申請する企業の規模によって変動しますが、中小企業への優遇措置が取られている点が特徴です。（具体的な金額は年度の公募要領で確認が必要です）
大企業・中小企業で異なる補助率
補助金の配分は、主に連携企業（中小企業）の設備導入費用に重点が置かれます。
| 補助対象経費 | 対象者 | 補助率の目安 |
| 省CO2設備の導入費用 | 連携企業（中小企業等） | 1/2または2/3以内 |
| 再エネ設備の導入費用 | 連携企業（中小企業等） | 1/2または2/3以内 |
| データ可視化ツールの開発・導入費用 | リード企業（大企業等） | 1/3以内 |
| 教育・診断・体制整備の費用 | リード企業（大企業等） | 1/3以内 |
特に、中小企業が実施する設備投資に対しては、国の補助金としては比較的高い2/3以内が適用されるケースが多く設定されており、中小企業の初期投資負担を大幅に軽減することを意図しています。
事業費上限・採択規模の参考
この事業は、複数の企業を巻き込んだ大規模な投資を前提としているため、事業全体の上限額は高額に設定される傾向があります。
- 事業費上限: 単年度で数億円規模
- この上限は、連携する中小企業の数や、計画されているCO2削減効果の大きさによって変動します。
- 採択規模:
- 単一の連携体で、数十社の中小企業を巻き込み、数億円単位の事業費を投入するケースも想定されます。
中小企業にとっては、本来、自己資金だけでは難しかった高額な省エネ・再エネ設備への投資が、補助金によって実現可能になるという経済的なメリットが非常に大きいです。
申請要件と審査のポイント
本事業の審査は、単なるCO2削減量だけでなく、「連携の質」と「波及効果」が厳しく評価されます。
連携体の構成要件（リード企業＋複数中小）
申請を行うために最低限満たすべき要件は以下の通りです。
- 連携体の組成: リード企業1社と、公募要領で定められた数以上の中小企業（連携企業）で構成されていること。
- サプライチェーン上の関連性: 連携企業のCO2排出量が、リード企業のScope3排出量に相当するものであることを証明できること。
- 協定書の締結: 連携体の全構成員間で、事業実施、役割分担、費用負担、成果報告に関する明確なコンソーシアム協定書を事前に締結していること。
- 実施体制の確立: リード企業が事業全体を管理し、連携企業への技術指導や費用配分を適切に行う体制が整っていること。
削減効果、実現性、波及効果が評価基準
審査では、特に以下の三つの視点から、提案された計画の優位性が評価されます。
削減効果の最大化・明確性
- 定量的根拠: 導入設備や施策によるCO2排出削減量（t-CO2/年）が、科学的かつ客観的な根拠（設備のスペック、稼働状況の予測など）に基づいて、厳密に算定されているか。
- 投資対効果（ROI）: 補助金を活用することで、脱炭素化投資の費用対効果が大幅に向上し、経済的に優位性があるか。
事業の実現性・継続性
- 計画の具体性: 設備の選定、調達、施工、資金調達のスケジュールが現実的で、補助事業期間内に完了できる計画であるか。
- リード企業の支援能力: リード企業が、連携企業に対する技術指導、資金管理、データ収集に関して、十分な経験とリソースを有しているか。
- 自立的な継続性: 補助事業終了後も、連携企業が自力で脱炭素経営を継続し、さらなる削減努力を行うための仕組み（ノウハウ、ツール）が残る計画となっているか。
波及効果
- モデル事業としての可能性: 提案された脱炭素化の取り組み（技術、ビジネスモデル、連携スキーム）が、他のサプライチェーン、同業他社、他地域にも横展開できる優れたモデルとなるか。
データ管理・報告体制の整備も重要
補助事業の信頼性を担保するため、事業の採択・実施後の体制も審査の対象となります。
- モニタリング体制: 導入設備の稼働データや電力・燃料の使用量を継続的に収集・管理し、削減効果を計測できるシステム（EMS等）の整備。
- 報告の信頼性: GHGプロトコルなどの国際基準に基づき、正確な排出量算定を行い、国への実績報告を厳格に行うための体制。
申請の流れ
本事業の申請から補助金受領に至るまでのプロセスは、一般的な補助金よりも複雑なステップを踏みます。早期の準備と、連携体全体での綿密な調整が必要です。
公募要領を確認
まず、環境省や事業の執行団体（例：一般社団法人）が公表する最新の公募要領を詳細に確認します。この段階で、申請期間、要件、補助対象経費、提出書類の全てを正確に把握することが、その後の全ての工程の基礎となります。
連携体の組成・協定書締結
リード企業が中心となり、連携企業を選定します。削減効果の高い中小企業や、地域・業界での波及効果が見込める企業を巻き込むことが重要です。
- 選定後、事業の目的、各社の役割、費用負担の割合、知的財産の取り扱い、補助金不交付時のリスク分担などを明記したコンソーシアム協定書を全社で締結します。この協定書は、申請時の必須書類となります。
申請書類提出
公募要領に従い、以下の主要な書類を作成・提出します。
- 事業計画書: 審査のポイント（削減効果の根拠、実現性、波及効果）を網羅した、最も重要な書類。
- CO2排出削減計画: 導入設備ごとのCO2削減量を計算式とともに示す詳細な計画。
- 資金計画書: 導入設備の詳細な見積もり（相見積もりを含む）と、各社の費用負担計画。
- 添付書類: 連携企業の概要、排出量算定の根拠資料、締結した協定書など。
提出は、電子申請システムを通じて行うことが一般的です。
採択後、設備導入・報告
申請が採択された後、以下の手続きを経て事業を実施します。
- 補助金交付申請・交付決定: 採択決定通知を受け、正式な補助金交付申請手続きを行い、交付決定を受けます。
- 設備導入（着手）: 交付決定後に、設備の正式な発注や契約を開始します（交付決定前の着手は厳禁です）。計画に従って、設備導入工事やソフト支援活動を実施します。
- 完了報告（実績報告）: 事業完了後、導入設備の写真、領収書・振込証明書などの証拠書類、そしてCO2削減効果の実績値をまとめた報告書を提出します。
- 補助金確定・支払い: 事務局による報告書の検査（必要に応じて現地調査）を経て、補助金額が確定し、リード企業（代表者）の口座に補助金が支払われます。
採択のコツと実務上の注意点
この大規模な補助事業で採択を勝ち取るためには、単に要件を満たすだけでなく、事業計画の「質」を高めるための工夫と、補助金特有のルールを厳守する実務能力が求められます。
中小企業の参加意義を明確化
審査官を納得させるためには、連携企業（中小企業）がこの補助事業に参加することの必然性とメリットを明確に示す必要があります。
- リード企業側の必然性: 「この連携企業の脱炭素化なくして、自社のScope3削減目標達成は不可能である」というロジックを確立する。
- 中小企業側のメリット: 補助金によって導入する設備が、CO2削減だけでなく、生産性向上、品質向上、電気代削減、従業員の労働環境改善など、本業の競争力強化に直結することを具体的に記述する。単なる「コスト削減」に終わらない、経営高度化の視点が重要です。
Scope3削減効果を数値化
削減効果の定量的評価は、採択の可否を分ける最大の要素です。
- 基準排出量の設定: 設備更新前の電力・燃料消費量や設備の効率（COP値など）を、客観的なデータに基づいて正確に把握し、基準排出量（Base Line）を設定します。
- 計算の透明性: 導入後の削減量を、国際的な算定基準（GHGプロトコル、日本の環境省ガイドラインなど）に基づき、計算式と前提条件を詳細に記載します。計算根拠が曖昧な場合、削減効果が過大評価と見なされ、減額や不採択の原因となります。
専門機関のサポート活用
補助金申請、特に複雑な連携事業の計画策定には、専門的な知見が不可欠です。
- 技術的な専門家: 省エネ診断士や設備メーカーの協力のもと、最適な設備選定と正確な削減量計算を行います。
- 申請代行・コンサルタント: 補助金制度の審査基準、協定書の作成、公募要領の読解に精通したコンサルタントを活用し、計画書全体の品質を高めます。
活用事例と成功パターン
採択された連携体は、ただ設備を導入するだけでなく、デジタル技術を活用したり、業界全体に波及するモデルを構築したりすることで成功を収めています。
製造業の省エネ機器導入事例
- 概要: 大手電子部品メーカー（リード）と、複数の中小プレス・加工工場（連携）による共同申請。
- 取り組み: 全連携企業に、老朽化したコンプレッサーを最新のインバーター制御付き高効率コンプレッサーに一斉更新。同時に、各工場の電力データを一元管理できるクラウド型EMSをリード企業が提供し、運用改善の指導を実施。
- 成功パターン: 設備の共通化と一括調達によるコストダウンと、データに基づく運用指導というソフト支援を組み合わせることで、設備投資額に対して高い削減率（平均20%超）を実現。
物流業での効率化・再エネ利用事例
- 概要: 大手食品メーカー（リード/荷主）と、契約する地域運送会社（連携）による共同申請。
- 取り組み: 運送会社の拠点の屋根に自家消費型太陽光発電設備と蓄電池を設置。導入した再エネ電力を活用して、車両の一部をEVトラックに転換するための充電設備を整備。
- 成功パターン: 「再エネ導入→再エネ電力によるEV充電」というクリーンなエネルギーサイクルを構築し、Scope3削減と同時に、運送会社にとって最大のコストである燃料費（電力費）の削減という明確な経済メリットを提供。
デジタルツールを使ったCO2見える化の成功例
- 概要: 大手総合商社（リード）と、取引先の地域食品加工会社（連携）による共同申請。
- 取り組み: リード企業が、サプライヤーが簡単に利用できるウェブベースの排出量算定ポータルを構築し、連携企業に無償提供。連携企業は、購入した原材料やユーティリティの使用量を入力するだけで、排出量を自動算定。算定結果に基づき、排出量の多い企業に集中的な省エネ診断を実施。
- 成功パターン: 中小企業が苦手とするデータ入力・算定の負荷をゼロにすることで、脱炭素化への参加障壁を下げ、全サプライヤーからのデータ収集体制を迅速に確立。
今後の展望と企業への影響
この補助金事業が示す方向性は、今後の企業経営とサプライチェーンのあり方を大きく変えるものです。
Scope3対策が企業評価・取引条件に直結
Scope3対策は、今後、以下の点で企業の評価基準や取引条件に不可欠な要素となります。
- 国際競争力: EUの炭素国境調整メカニズム（CBAM）などに代表されるように、製品の炭素排出量が国際取引の障壁となる時代が到来します。
- 投資家の評価: ESG投資の拡大により、サプライチェーン全体の気候変動リスク管理能力が、企業の信用力や資金調達力に直結します。
- グリーン調達: 大企業は、自社のScope3目標達成のため、将来的には「脱炭素化に取り組む企業」を取引先に選定する、グリーン調達を強化することが確実です。
中小企業にとって、この補助金を活用した脱炭素化への早期の取り組みは、大企業との取引維持・拡大のための必須投資となります。
中小企業支援を通じた脱炭素経営の普及拡大
本事業で得られたノウハウや成功事例、共通のデジタルツールは、特定の連携体内に留まらず、業界全体へと広がる「知のインフラ」となります。
環境省は、中小企業が抱える「資金」「知識」「人材」の課題を、リード企業との連携と補助金で解消することで、日本全体の中小企業群の脱炭素経営の底上げを目指しています。脱炭素化はもはや大企業だけの課題ではなく、全ての企業が持続可能な成長を実現するための経営戦略の根幹となるでしょう。
まとめ：Scope3連携とデータ可視化を踏まえた脱炭素化が最重要
「中小企業を含むバリューチェーン全体の脱炭素経営高度化事業」は、日本の産業構造を変革するための強力な国家支援策です。
この補助金制度を最大限に活用し、企業価値と競争力を高めるためには、次の二つの視点を決して忘れてはいけません。
- Scope3連携の強化: リード企業と連携企業が、単に設備投資の資金を分け合うだけでなく、技術指導、ノウハウ共有、共通の目標設定を通じて、恒久的で強固な脱炭素経営の協力体制を築くこと。
- データ可視化と定量的根拠: 導入する設備や支援が、客観的な計測・算定データに基づき、いかにCO2排出量を削減し、事業の費用対効果を高めるかを論理的に証明できること。
国の補助金を活用することで、中小企業は初期投資の負担を大幅に抑えつつ、高効率な設備と、今後の国際的なサプライチェーンで生き残るための脱炭素経営という新たなスキルを手に入れることができます。
今こそ、「Scope3連携とデータ可視化を踏まえた脱炭素化」を経営戦略の核に据え、持続可能で強靭な企業モデルへの転換を図ることが最重要です。
【参考文献・出典】
- 環境省「中小企業を含むバリューチェーン全体の脱炭素経営高度化事業」https://www.env.go.jp/content/000335892.pdf
- 環境省 カーボンニュートラルポータルhttps://ondankataisaku.env.go.jp/carbon_neutral/
- GHGプロトコル（Scope1〜3排出量の国際基準）https://ghgprotocol.org/
- 経済産業省「GX実現に向けた企業支援策一覧」https://www.meti.go.jp/policy/energy_environment/glo
